Rumah Sakit Umum Daerah Jayapura dibangun pada tahun 1956 oleh pemerintah Hindia Belanda dan diresmikan pada tanggal 5 Juni 1959. Berdasarkan analisis cakupan pelayanan sesuai tatanan bangsal perawatan yang ada, maka Rumah Sakit ini diperuntukkan bagi spesialistik dasar, yaitu Spesiailis Penyakit Dalam, Spesialis Bedah Umum, Spesialis Kebidanan dan Kandungan dan Spesialis Anak.

Sejak tanggal 2 Mei 1962 bersama dengan penyerahan Irian Barat ke Pemerintah Republik Indonesia, maka Rumah Sakit ini ikut diserahkan kepada Pemerintah Indonesia dan sampai saat ini pengelolaannya dilaksanakan oleh Pemerintah Provinsi Papua.

Disimak berdasarkan catatan sejarah dan diurut – urutkan sesuai waktunya, maka RSUD Jayapura dalam status tipe D sejak tahun 1962 sampai tahun 1982, dalam status tipe C sejak tahun 1983 sampai tahun 1994, kemudian dalam status tipe B Non Pendidikan sejak tahun 1995 sampai tahun 2001 dan terhitung sejak tahun 2002 sampai dengan saat ini ( 2008 ) RSUD Jayapura memiliki tipe B Pendidikan.