Upaya pembangunan RSUD Jayapura yang diawali pada tahun 2006 hingga pada tahun 2010 melalui tahapan kegiatan yang telah ditetap serta searah dengan cita - cita dan harapan masyarakat di Provinsi Papua, maka target yang akan dicapai adalah sebagai berikut :

A. Adanya bangunan fisik yang sesuai dengan standart pelayanan super specialis di RSUD Jayapura.
B. Terciptanya kawasan rumah sakit yang berwawasan ramah lingkungan, tertip, aman, bersih dan indah
C. Adanya peningkatan jumlah tenaga medis, tenaga perawatan, tenaga penunjang medis dan penunjang non medis serta tenaga administrasi dalam jumlah yang memadai
D. Adanya peningkatan kualitas pelayanan rumah sakit yang ditandai dengan meningkatnya jumlah penderita tetapi berkurangnya jumlah hari perawatan per penderita sertamembaiknya indikator pelayanan rumah sakit lainnya.
E. Terpenuhinya serta terpeliharanya sarana dan prasarana pendukung pelayanan secera baik dan teratur
F. Adanya peningkatan peran struktur dan sistem manajemen sesuai dengan fungsi dan tugas masing - masing pada seluruh tingkatan sub sistem pelayanan rumah sakit yang berjalan secara timbal - balik